在清潔驗證調(diào)查中，經(jīng)常需要根據(jù)一個以上的目標殘留物或化合物建立接受標準限制。局限性在于，它在一次試驗中，只能檢測一種殘留物。因此在清潔驗證中，多種化合物就需要多個分析實驗才能完成。在這些實驗中許多無法預料到的污染物和清潔劑可能會被忽略，在色譜中就會顯示出許多不明的峰。由于TOC是一種非專屬性方法，所以可toc分析儀檢測到超過一種的目標化合物。由于設(shè)置和分析耗時過長，使用 結(jié)果經(jīng)常是，要花一兩天的時間才能認證設(shè)備符合清潔標準，由此造成生產(chǎn)停機。不明的峰以及高額的維修費用都是導致停工的原因。另外，在對制藥設(shè)施進行檢查后，發(fā)出的警告信中，是被引用最多的分析方法。近期的警告信所提到的問題有，方法會導致不充分的檢測，無法確定不明的峰，無法在使用之前校正儀器，檢測的線性程度低，儀器準確度的不足，無法在分析之前使儀器達到合適狀態(tài)等等。實驗室運行儀器的操作人員培訓及認證程度不足也受到高度關(guān)注。一封最近的警告信寫道:“....測試的流程不全面，因為樣品的運行時間和保留時間......在你們提供的實驗方法里沒有確定。我們的調(diào)查員發(fā)現(xiàn)貴實驗室的員工習慣性地在活性峰洗脫后停止色譜的運行，導致不能檢測到在活toc分析儀性峰之后洗脫的峰。用分析進行清潔驗證會有許多不確定因素。不明的峰，也就是“假峰”，是不確定因素之一，可導致冗長的排除困難時間和驗證操作的失敗。以往的進樣、污染物、氣泡、柱內(nèi)的污垢，磨損的保護柱，以及樣品中痕量的污染物和清潔劑都是導致  需要更換組件的因素。比如，磨損的聚合物接頭或管材，被污染的保護柱會影響峰形，需要更換。根據(jù)峰形的變化，保護柱需要每周甚至每天更換，這大大地增加了計劃外的維修費用。